Les microangiopathies thrombotiques sont une complication fréquente et sévère de l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques. Leur prise en charge diagnostique et thérapeutique est mal codifiée. Afin d’harmoniser les pratiques entre les différents centres de greffe de cellules souches hématopoïétiques français, la Société Française de Greffe de Moelle et Thérapie Cellulaire (SFGM- TC) a tenu ses cinquièmes ateliers d’harmonisation annuels qui regroupent des praticiens provenant des différents centres français. Ces ateliers se sont tenus en septembre 2014 à Lille. Dans cet article, nous avons fait un état des lieux de la littérature sur la physiopathologie, les facteurs de risque, les caractéristiques et la prise en charge diagnostique et thérapeutique des microangiopathies thrombotiques. Nous proposons en conclusion des recommandations diagnostiques et thérapeutiques, ainsi que des orientations pour de futures études.